iciの業務日誌: 2022

2022年12月6日火曜日

Apple siliconのNI488.2ドライバが一向に開発される気配がないのでLinuxにもどろうか（事前調査）

2022年12月時点で，NIがmacOSはx84_64しかサポートしていないので，intel mac を新品で買えない現状では研究室の維持が難しくなってしまう。

さらに，最近のmacOSではウインドウをアクティブにしておかないと，処理が遅くなるようなので，これも測定に悪影響を及ぼす恐れがある。

うっかり測定用プログラムが走っているウインドウ以外をクリックしてしまったりすると，測定プログラムがアイドル状態とみなされてしまうのだろう。

LinuxからmacOSに移った理由の一つが，VNCでのぞいたり場合によっては測定条件を変更したりしたいから。

RDPやmacの画面共有（これは所詮VNCだけど）と違って，サーバ側をLinuxにしてVNC接続すると，別のXが立ち上がるようになっている（複数人で使えるように）。

しかし，測定で使用する場合，今まさにディスプレイで表示しているものをそのまま表示して欲しいので，それではちょっと困る。

しかし！最近救世主のようなVNCサーバに出会えた。

X11VNCとかいうやつらしい。

VNC用のパスワードを発行して，現在デスクトップで表示されているものをそのまま共有できるらしい。

そこらへんにころがっているちょっと古いDOS/V機で十分いける！

そこで，ひさびさにLinux-GPIBのウェブサイトを覗いてみる。

すると，

The 4.x.x and later series kernels are also supported by the packages in the linux-gpib for 3.xx and 2.6.x kernels folder.
The latest stable release (linux-gpib-4.3.5) has been tested on linux version 5.19.0-rc7 from kernel.org

と書いてある。

先日入れたxubuntu22.04のカーネルを調べるために，uname -rしてみると，5.15.0-56-genericとのこと。

条件的には大丈夫そう。

でもなるべくコンダラひきたくない。

これも続きは後日。

2022年11月30日水曜日

Linuxにmusrfitをインストール（令和版）part 1

mac上のmusrfitに多少の不安があるので、今後のことも考えてlinuxでも実行できるようにしておくことにした。

まずはテストとして10年おちのCeleronマシンにインストール。

Scientific Linux7.9で動いているので、ここにインストールしようとしたのだが、cmakeやコンパイラのバージョンが古すぎてインストールできないという困難に直面。

重いコンダラ引きたくないので、この際OSからインストールし直し、うまく動いたら新しいラップトップに入れ直すことにした。

ディストリビューションの選択は、centos系だとhdf4がインストールできないことはわかっていて、nexusやらでつまずくのが嫌なので、apt系。

すると自ずとLubuntuかXubuntu。

~~ねずみで癒やされたいので~~なれているのでxubuntuに。

現在のバージョンは20.04.1。インストールUSBをwindows PCからunetbootinで作成。

対象のPC、BIOSでUSB drive起動の優先順位をあげて、差し込んで再起動。

インストールはあっというま。

再起動しゴニョゴニョしていると、22.04にアップグレードするかと聞かれる。

頭の片隅にコンダラがちらつくが、調子に乗ってアップグレード。

まずはPSIウェブサイトの指示にしたがいインストール。

$ apt-get install git cmake libboost-dev libboost-filesystem-dev libboost-system-dev libgsl-dev libfftw3-dev libxml2-dev qt5-default qtbase5-dev libqt5svg5-dev

ただし、qt5-defaultというパッケージはないと怒られる。

qtbase5などは問題なく入るので、もし名前が変わっているのならきっと必要パッケージとしてどこかで入るだろうと甘く見て次へ進む。

次が問題のhdf4と5。

$ apt-get install libhdf4-dev libhdf5-dev

問題なくインストール。

つづいてnewxus

$ cd Downloads
$ mkdir nexus
$ cd nexus
$ git clone https://github.com/nexusformat/code.git
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DENABLE_HDF5=1 -DENABLE_HDF4=1 -DENABLE_MXML=0 ../code
$ cmake --build ./ --clean-first
$ sudo make install

こちらも問題なくオッケー。

つづいてroot。

説明を見ると、$HOME$/Appsにインストールするようになったようだ。

まぁ、このご時世複数人でPCを共有することもなかろうと、指示通りに。

まずは必要パッケージのインストール。

$ apt-get install libx11-dev libxft-dev libxpm-dev libxext-dev

特に問題なし。

続いてroot。

途中の"git tag -l"によると、現時点でのバージョンはv6-26-10なので、それに合わせて。

$ cd $HOME
$ mkdir Apps
$ cd Apps
$ git clone http://github.com/root-project/root.git
$ cd root
$ git tag -l
$ git checkout -b v6-26-10 v6-26-10
$ mkdir root_build
$ cd root_build
$ cmake ../ -Dgminimal=ON -Dasimage=ON -Dmathmore=On -Dminuit2=ON -Dxml=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../root_exec
$ cmake --build ./ --clean-first
$ make install

Celeronのせいか、異常に時間がかかる。

ながくなったので続きは次回。

2022年10月26日水曜日

musrfitを久しぶりに使おうとしたら，変なエラーが出てしまった

スペクトルを表示しようとmusreditのボタンを押すと以下のような怪しいダイアログが出てしまう。

musrviewで直に.msrファイルを開こうとしてもエラーが。

% musrview test-histo-ROOT-NPP.msr

dyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libgsl.25.dylib

Referenced from: /Users/*****/Applications/root/root_exec/lib/libMathMore.so

Reason: image not found

zsh: abort musrview test-histo-ROOT-NPP.msr

libgslがないと怒られている。

しかし，実際はlibgslはmacportsでインストールされています。

% sudo port installed gsl

Warning: port definitions are more than two weeks old, consider updating them by running 'port selfupdate'.

The following ports are currently installed:

gsl @2.6_0

gsl @2.7_0

gsl @2.7.1_0 (active)

なるほど，バージョン2.7がインストールされているのにバージョン2.5を呼び出しているのか。。。

古いバージョンをactivateしようにも，2.6以降しかインストールされていない。

実際，/opt/local/libに見に行ってみると，

% ls -l libgsl*

-rwxr-xr-x 1 root admin 2228224 12 2 2021 libgsl.27.dylib*

-rw-r--r-- 1 root admin 3939896 12 2 2021 libgsl.a

lrwxr-xr-x 1 root admin 15 12 2 2021 libgsl.dylib@ -> libgsl.27.dylib

-rwxr-xr-x 1 root admin 219792 12 2 2021 libgslcblas.0.dylib*

-rw-r--r-- 1 root admin 331056 12 2 2021 libgslcblas.a

lrwxr-xr-x 1 root admin 19 12 2 2021 libgslcblas.dylib@ -> libgslcblas.0.dylib

（libgsl.dylib@っていうシンボリックリンクがいるのだから，libMathMore.soがそっちを参照しに行けばいいのに，25をよみにいっているところがアホ）

git pullしてrootをソースから作り直してもおなじメッセージが出る。

macportsで古いgslをインストールするのも手なのですが，ちょっと面倒なのでやっちゃいけないのは承知で以下のようにしてみました。

% ls -l libgsl*

lrwxr-xr-x 1 root wheel 15 10 26 16:06 libgsl.25.dylib@ -> libgsl.27.dylib

-rwxr-xr-x 1 root admin 2228224 12 2 2021 libgsl.27.dylib*

-rw-r--r-- 1 root admin 3939896 12 2 2021 libgsl.a

lrwxr-xr-x 1 root admin 15 12 2 2021 libgsl.dylib@ -> libgsl.27.dylib

-rwxr-xr-x 1 root admin 219792 12 2 2021 libgslcblas.0.dylib*

-rw-r--r-- 1 root admin 331056 12 2 2021 libgslcblas.a

lrwxr-xr-x 1 root admin 19 12 2 2021 libgslcblas.dylib@ -> libgslcblas.0.dylib

不具合が出るまでこれで行きます。

きちんとスペクトル表示されました。

2022年10月22日土曜日

大学のAdobe Creative Cloud で，「アプリケーション管理にアクセスする権限がありません」と表示される

大学の古いmac mini (Late 2012, Catalina)にadobe creative cloudをインストールし直して，ログインしてadfs認証パスしたのですが，表題の通り「アプリケーション管理にアクセスする権限がありません」と表示され，アプリのインストールやアップデートができない状態になってしまいました。

以前この症状になった記憶があったので，google先生に聞いてみたところ，立命館大学のサイトにヒントが書いてありました。

/Library/ApplicationSupport/Adobe/OOBE/Configs/ServiceConfig.xml

の中の，

<visible>false</visible>

の行を

にsudo viで変更して，Creative Cloud を再起動してadobeのログインをし直すと，無事解決。

2022年10月4日火曜日

macOSでVisual Studio CodeとLaTeXを使うならDropbox

タイトルが全てです。

Visual Studio Code側では，最初，settings.jsonにレシピとツールをクソ真面目に書いて，ptex2pdf -uだけを複数回実行するのか，ubibtexを間にいれるのかを区別してコンパイルしていたのですが，結局latexmkに頼れば一発だったので，前回のポストのようにしました。

iCludDrive上のファイルは扱えなかったのに，Dropbox上のファイルは問題なく扱える。

正確には，iCloud上のTeX文章もVisual Studio Codeのターミナルを使えばコンパイルできるのですが，⌘sで保存した時にコンパイルという便利さが失われるのでiCloud上のファイルを使うのはやめました。

もともとDropBoxやめようと思ったのは，iPad上のTexifier.appがDropboxを扱えなくなったからなのですが，そもそもiPadはクラウドタイプセットメインになりつつあるので，iPadでTeX文章書くことを諦めるます。

もう少し調べたら何かあるのかもしれませんが。。。。

2022年9月27日火曜日

AtomからVSCodeに移行し，LaTeX機能拡張をインストール

Atomやっと使い慣れてきて，CでもPythonでもTeXでも便利に使っていたのですが，なんと開発終了という悲しい情報を知り，さて何に乗り換えようかと考えています。

ウインドウを散らかす性格のため，TeXのプレビューが同じウインドウに表示されるエディタがいいので，vimやemacsは選択肢から外れます。

そうすると，にMicrosoftのVisual Studio Codeが上がってきました。

Microsoft?という先入観でちょっと抵抗があったのですが，Atomと似ていて使いやすそう。

早速導入。

環境は，MacPortsでTexLive2022がインストールされている状況。

Visual Studio Codeのバージョンは1.71.2

取り急ぎLaTeX機能拡張が欲しかったので，LaTex Workshop v8.29.0をインストール。

⌘+,で環境設定。

右上のアイコンをクリックすると，設定ファイル（settings.json）をエディットできる。

私は最近uplatexを主に使っているので，ここでtoolとしてptex2pdfに-uオプションをわたして実行すればいいのだが，bibtexをまわすときとまわさないときでレシピを分ける必要がありそう。

ここで色々調べてみると，latexmkをつかうと，その辺を判断してbibtexをまわしたりまわさなかったりしてくれる模様。

日本語の処理を楽ちんにするため，uplatexでdviをつくってdvipdfmxでpdf化する方向で設定したい。

latexmkは，ホームディレクトリの下に.latexmkrcというファイルを用意しておけばその通り実行してくれる模様。

公式マニュアル（$ man latexmk）を実行してざっと文章を斜め読みしながら.latexmkrcの書式について一通りしらべて，私の目的（VSCodeから実行する）なら，以下の項目だけを設定すればいい模様。

まず一番大切なのは，$pdf_mode。

dviからpdfの流れにする場合は3にする。

次にtypesetコマンドの設定。

これは，$latex。

それから$bibtexと$dvipdf，$makeindexを設定しておけば最低限動きそう。

それだけ設定した私の.latexmkrcはこんな感じ。

#!/usr/bin/env perl
$pdf_mode = 3;
$latex = 'uplatex -halt-on-error';
$bibtex = 'upbibtex';
$dvipdf = 'dvipdfmx %O -o %D %S';
$makeindex = 'mendex %O -o %D %S';

これを動かすVSCodeのsettings.jsonはこんな感じ。

{
    "latex-workshop.latex.recipes": [
         {
            "name": "latexmk",
            "tools": [
                "latexmk"
            ]
        }
    ],
    "latex-workshop.latex.tools": [
        {
            "name": "latexmk",
            "command": "latexmk",
            "args": [
              "%DOC%"
            ]
        }
    ],
    "latex-workshop.view.pdf.viewer": "tab",
    "workbench.colorTheme": "Solarized Dark",